Adını; kenti çevreleyen adalarında yaşayan foklardan alan Phokaia, İ.Ö. 11. yy'da Aiollar'ca kuruldu. İon yerleşimi İ.Ö. 9.yy'da başladı. Phokaialılar usta denizciydiler ; 50 kürekli & 500 yolcu alabilen tekneleri vardı. Mühendislik konusundaki üstün zekaları ve denizcilikteki başarıları ile Ege, Akdeniz ve Karadeniz'e açılarak çok sayıda koloni kurdular. Foçalılar'ın tarihte kurduğu kolonilerin en önemlileri : Kardeniz'de Amysos (bugünkü Samsun); Çanakkale Boğazı'ndaki Lampsakos (bugünkü Lapseki); Midilli Adası'nda Methymna (bugünkü Molyvoz); Güney İtalya'da Elea (bugünkü Velia); Korsika'da Alalia; Güney Fransa'da Massalia (bugünkü Marsilya), Nice ve Antibes ; İspanya'da Ampuria'dır. Phokaialılar'ın denizcilikteki ustalığı, ticaret alanında da başarılı olmalarına olanak sağladı. Phokaia, İonya'da, doğal altın-gümüş karışımı elektron sikkeyi ilk bastıran kentlerden biriydi.
Phokaia bu başarıları ile bir çok uygarlığın iştahını kabartıyordu ve İ.Ö.546 yılında Persler'in tahrip ettiği ilk İon kentiydi. Pers istilası ile kentin görkemli çağı sona erdi, halkın büyük bir çoğunluğu kenti terketti. İ.Ö. 334'te Büyük İskender'in Anadolu'ya ayak basarak Pers egemenliğini ortadan kaldırması; yeni bir dönemin başlangıcı oldu. İskenderin ölümünden sonra sıra ile; Seleukoslar'ın, Bergama Krallığı'nın ve Romalılar'ın egemenliğine girdi. Erken Hristiyanlık döneminde psikoposluk merkeziydi.
Foça 13. yy'da Türk Beyliklerinden Çaka Bey'in; daha sonra Saruhan Beylliği'nin yönetimindeydi. Fatih Sultan Mehmet 1455'te Foça'yı Osmanlı İmparatorluğu topraklarına kattı.
1867'de Foça ve bucağı Yenifoça birleştirilerek Manisa eyaletine bağlandı. 15 Mayıs 1919'dan 11 Eylül 1922'ye kadar Yunanlılar'ın egemenliğindeydi. Kurtuluş Savaşı'nda 11 Eylül 1922'de Atatürk Foça'ya girdi ve 11 Eylül Foça'nın kurtuluşu olarak kutlanmaya başladı.