Egemenlik mücadelesinin yaşandığı bu dönemde, İzmir limanı ve art bölgesi harap durumdaydı. Osmanlılar İzmir’i ve buraya zenginlik sağlayan Ege bölgesini imar ederek, canlılığın yeniden sağlanabileceği koşulları yarattı. Osmanlı Devleti’nin İzmir ve Batı Anadolu’yu ele geçirdikleri dönemde, Ege Denizindeki hakimiyeti tam anlamıyla oluşmuş değildi. İzmir ve civarını kontrol etse bile, deniz gücü dengeleri geleneksel konumunu sürdürmekteydi. Bunun anlamı, XV. yüzyılda Venedik’in Doğu Akdeniz ve Ege Denizi’nde eskiden beri sahip olduğu avantajlara sahip olduğudur. Osmanlılar, güçlü bir donanmaya sahip olan Venedik ile rekabette zorlanıyorlar ve kıyılarına yönelen saldırıları engelleyici önlemler alamıyorlardı. İzmir kaynaklı ticaretteki paylarını kaybetmek istemeyen Venedik, deniz gücü üstünlüğüne dayanarak bazı girişimlerde bulunmaktan da geri durmuyordu. Anlaşılacağı üzere, İzmir’in Osmanlılar tarafından ele geçirilmesiyle sarsılan ticaret dengelerini, Venedik donanmasının gücüne dayanarak yeniden kendi lehine çevirmek istiyordu. Bu süreç, ticari ve askeri bir rekabet dönemiydi. Venedikliler 1472’de İzmir üzerine yönelerek, askeri tehdit yoluyla ticari avantajlarını sürdürmeyi amaçlayan bir girişimde bulundular. Belirtilen yıl bir Venedik filosu körfeze girerek limana saldırdı, kenti yağmaladı ve yaktı. Bunun üzerine Sultan II. Mehmet (Fatih), İzmir limanının girişinde bulunan ve Timur’un İzmir’e girdiği günlerde yıktırmasından dolayı, harabe halinde bulunan Liman Kale’sini yeniden yaptırdı. İç limanının hemen girişinde bulunan kale, İzmir’e denizden gelebilecek saldırılara karşı uzun yıllar en önemli savunma tesisi olarak kaldı. Liman Kale’nin yeniden inşa edilmesiyle, İzmir tekrar eski görünümüne kavuştu. Yani Pagos dağı üzerinde bulunan ve bir iç kale görünümünde olan Kadife kale ile, kentin limanında bulunan kale arasında, kent tekrar bütünleşmiş oluyordu. Bu iki kale arasında da, kentin hem doğu tarafında hem de batı tarafında dış surlar uzanıyor, iç kale ile liman kaleyi birleştiriyordu. Sivil yerleşim daha çok Kadife kale yamaçlarında yoğunlaşıyor, aşağıda bugün Kemeraltı yayının yer aldığı iç liman çevresinde de ticari bölge bulunuyordu. Bu dönemde, Anadolu kıyılarında ve iç bölgede Osmanlı yönetiminin etkinliği artsa da, İzmir’in yapısında dikkat çekici bir sıçrama oluşmadı. İzmir, XV. yüzyıl boyunca ve XVI. yüzyılın büyük bölümünde, küçük bir kıyı kasabası olarak yaşamaya devam etti. Bunun en önemli nedeni, İzmir’in ticari açıdan yerel bir nitelik göstermesidir. İstanbul’un 1453 yılında fethedilmesi ve Osmanlı İmparatorluğu’nun başkenti yapılmasından sonra, hızlı bir büyüme ve imar süreci yaşadığı bilinmektedir. Nüfusu kısa sürede yüz binleri geçen İstanbul’un, XVI. yüzyıl ortalarında 250-500 bin arasında tahmin edilen bir büyüklüğe ulaştığı da düşünülmektedir. Bu büyüklükte bir nüfusun beslenme ihtiyacını karşılayabilmek ve kesintisiz bir mal akışı sağlamak devlet yönetiminin en önemli sorunlarından birisiydi. İzmir’in ve Batı Anadolu’nun, Osmanlı başkentinin ihtiyaçlarının temin edilmesinde işlevli olduğu bir bölgesel liman olması da, bu sürecin bir sonucudur. Kelimenin tam anlamıyla miğde kent denilebilecek olan İstanbul, tüketim kenti olup, tarımsal üretimin olmadığı bir yerdi. Böylesi büyük bir tüketimin sağlanmasında İzmir ve Batı Anadolu’nun payı çok büyüktü. XVI. yüzyılın son çeyreğine kadar İzmir, sadece İstanbul’a mal sevkiyatı yapılan bir iç limanın ticari kapasitesine sahipti. Dolayısıyla ancak bu ticarete bağlı bir büyüklüğe ulaşabilmişti. Ayrıca İstanbul’un ihtiyacı için Osmanlı Devleti, Batı Anadolu tarımını canlandırmak için çalıştı. Bu nedenle İzmir ve Batı Anadolu başkentin en büyük meyve ve sebze üreticisi durumuna geldi. Yani tarım karakterli bir iç ticaret bölgeye hakim oldu. İzmir de, XVI. yüzyılın büyük bir bölümünde sadece tarım ürünleri sevk eden küçük bir liman kasabası olmaktan öteye gidememiştir. Uluslar arası ticaretin olmaması nedeniyle liman ekonomik açıdan gelişim sağlayamamıştı. XVI. Yüzyılda İzmir’in Nüfus Yapısı ve Kentsel Yerleşim: XVI. yüzyıl başlarına kadar İzmir’in nüfus dağılımında büyük bir değişim olmadı. Türkler genellikle Kadifekale eteklerinde, gayri müslimler ise, daha çok kıyı kesiminde yoğunlaşmışlardı. Tüm Akdeniz havzasında XVI. yüzyılda görülen nüfus artışı, İzmir’de de yaşanmıştı. Nüfus artışının başladığı XVI. yüzyılın ilk yıllarından itibaren Türkler, tepedeki yerleşim alanlarından aşağıya yönelerek, yukarı kale ile aşağı kale arasında yerleşim kuşağı oluşturdular. Bu kuşakta; Faikpaşa, Selatinzade Mescidi, Hanbey (Pazar) ve Liman isimlerini taşıyan dört mahalle bulunmaktaydı ki, bu mahalleler, gelişmeye başlayan kentin merkezini oluşturuyordu. Belirtilenler dışında Rum nüfusun oturduğu bir mahalle daha bulunuyordu. XVI. yüzyıl boyunca artan nüfusa bağlı olarak, şehrin fiziksel yapısının büyüdüğü anlaşılıyor. Çünkü, yüzyılın son çeyreğine girerken üç yeni mahallenin daha kurulduğu görülmektedir. Bunlar Ali çavuş, Yazıcı ve Şeyhler mahalleleridir. Bu mahallelerde oturanların sayısı da, belirtildiği üzere XVI. yüzyıl boyunca artış göstermiştir. 1528 yılında İzmir şehri toplam 225 haneden oluşuyordu. Fakat belirtilen hanelerin ellisi İzmir içinde yaşamıyor, şehrin hemen dışındaki bir köyde oturuyorlardı. Boynuzsekisi denilen bu yerleşme sadece idari açıdan İzmir’e bağlı olup, kent mekanı içinde yer almıyordu. 1575 yılında yapılan sayımlarda ise, İzmir’deki hane sayısının 307’ye yükseldiği görülmektedir. Yaklaşık elli yıllık bir zaman diliminde izlenen bu nüfus artışı, belirtildiği üzere üç yeni mahallenin doğmasına zemin hazırlamıştı. İzmir’in nüfusunun büyümesini sağlayan unsurların başında doğal artış gelmekle birlikte, yeni fethedilen Sakız adasından İzmir’e ulaşan göçün de, nüfusu artıran etkenler arasında sayılması gerekmektedir. Nüfusun artışıyla birlikte, İzmir’in niteliği de değişmeye başlamıştı. Adalardan gelenler tarımla değil ticaretle uğraşıyor, buna bağlı olarak da, İzmir yavaş-yavaş bir pazar kentine dönüşüyordu. İzmir, köylü yaşamından ve tarımsal karakterinden uzaklaşıyordu. XVI. yüzyılın son çeyreğinden itibaren İzmir limanı, hem İstanbul’a mal sevk edilen hem de dış satımın söz konusu olduğu bir özellik gösteriyordu.